Chân Tử Đan sinh ở Quảng Châu, Quảng Đông, Trung Quốc, là con của nữ danh sư Thái cực quyền Mạch Bảo Thiền (麥寶嬋) và ông Chân Vân Long (甄雲龍), một nhà biên tập báo.[5] Năm hơn 1 tuổi, ông theo ba tới Hồng Kông, trong khi mẹ ở lại Quảng Đông vì lý do thủ tục. Đến năm 9 tuổi mẹ ông mới sang được Hồng Kông, gia đình lại chuyển sang Boston, tiểu bang Massachusetts, Hoa Kỳ, nơi mẹ ông sẽ mở viện nghiên cứu võ thuật Trung Hoa.[1] Bấy giờ ông rất tích cực học võ và đàn dương cầm cổ điển. Người em gái của ông, cô Chân Tử Tinh (甄子菁) cũng có học võ, sau này cũng trở thành diễn viên, sau khi tham gia bộ phim Adventures of Johnny Tao: Rock Around the Dragon.

Từ nhỏ ông rất thích học và nghiên cứu võ thuật, từng là đệ tử của nhiều phái võ khác nhau như Thái Cực Đạo, Wushu. Thần tượng của ông lúc này là Lý Tiểu Long, ông hâm mộ đến mức bắt chước cột một dải lụa ở ống chân để giắt cây côn nhị khúc.[1] Sự say mê võ thuật khiến ông lơ là, chán nản việc học. Ông bỏ học, gia nhập băng đảng và thường tham gia những cuộc đánh lộn, có khi băng đảng của ông đã gây ra án mạng.[1] Điều đó khiến cha mẹ anh lo sợ, họ đưa ông trở về Quảng Đông.

Trở về quê nhà, ông đi theo con đường của một võ sĩ Wushu. Ông đến Bắc Kinh để luyện tập trong đội tuyển Wushu Trung Quốc. Thời gian đầu ông đến Quảng Châu tập luyện với võ sư Lý. Ông Lý là người đã làm cho Chân Tử Đan bỏ đi phong cách Híp-pi lập dị kiểu Mĩ. Thời gian này ông còn học võ với sư phụ Ngô Bân, người từng dạy võ cho Lý Liên Kiệt.[6]

Năm 1983, khi sắp trở về Mĩ, Chân Tử Đan làm một chuyến du lịch ở Hồng Kông. Lúc này đạo diễn Viên Hoà Bình đang quay phim Tiếu Thái Cực, ông đã tìm rất lâu nhưng không ra một nam diễn viên phù hợp cho vai chính. Chị của Viên Hòa Bình, người từng theo học võ của mẹ Chân Tử Đan, đã giới thiệu "con trai của Mạch sư phụ" cho họ Viên, và Viên Hoà Bình đã mời ông thử đóng bộ phim Thiên sư chàng tà của ông Viên, trong vai trò một người đóng thế.